У Аль-Кайды с Пакистаном всегда были сложные отношения. Осама Бин-Ладен обычно воздерживался от слишком жесткой критики президента Мушаррафа. Движение Талибан и афганские моджахеды всецело зависели от Пакистана – он был их базой снабжения и укрытием. Недавно в одной из пакистанских мечетей держали оборону исламские экстремисты, связанные с Аль-Кайдой. После того, как правительственные войска штурмовали мечеть и покончили с этой копией знаменитого Талибана, Айман Завахири – второй человек в Аль-Кайде после Бин-Ладена – во всеуслышание призвал правоверных к джихаду против нечестивого пакистанского правительства. Позиции Аль-Кайды особенно сильны в тех районах Пакистана, что граничат с Афганистаном. Правительственные войска в эти районы боятся и ногой ступить, и огромные территории контролируются только исламистами. Для миллионов пакистанцев Осама – супергерой, некто вроде исламского Бэтмена, сражающегося с мировым злом.
Оккупация Индией провинции Кашмир усилила агрессивные исламистские тенденции среди пакистанского населения. Аль-Кайда постоянно требует от Пакистана идти войной на Индию, чтобы вернуть Кашмир исламскому миру.
Правительство президента Мушаррафа очень слабо. Исламизм все сильнее распространяется в армии – до сих пор главной опоре Мушаррафа. Множество мусульман с экстремистскими взглядами работают в пакистанской ядерной программе. По сведениям, у Пакистана пятьдесят три атомных бомбы.