באופן תיאורטי, המדע לא יכול לסתור את הדת. אפילו לניסים יש הסברים רציונליים. חז”ל התעקשו שאלוהים אינו מבצע ניסים על ידי הפרת חוקי הטבע. מה גם שהניסים בתורה לא חייבים להיות עובדה היסטורית – חז”ל התעקשו שהתורה ניתנה אך ורק לצורך פרשנות.
שלוש שאלות מבחינות בין הדת למדע: האם אלוהים קיים, איך נוצר היקום, ומהו טיב החיים?
השאלה הראשונה אינה ניתנת להפרכה. לא ניתן להוכיח אם יש או אין אלוהים, אבל השאלה עוברת את מבחן התער של אוקאם – ההסבר הפשוט ביותר לקיומו של היקום הוא אלוהים.
הסברים מדעיים על היווצרות היקום גובלים לעיתים בדתיות משום שמדובר ברעיונות בלתי ניתנים לבדיקה. מדענים מצהירים כי חומר הינו נצחי, ובכך עוקפים את רעיון הבריאה. מעניין להבחין שגם התורה נוקטת בדיוק באותה הגישה כאשר מובהר לקורא שהיה עולם לפני אלוהים- כדוגמת המים הקדמונים. המושג המדעי של חומר נצחי הינו בלתי ניתן להפרכה או הוכחה בדיוק כמו טענות הדת. בדיוק כמו הדת, המדע מניח כי לפני המפץ הגדול, הזמן עצר (גם בתורה לא היה יום ולילהלפני בואו של אלוהים), היקום היה חסר צורה (בדיוק כמו העולם בבראשית הפתיחה), והבריאה כולה החלה כאנרגיה ( התורה מציינת בזהירות כי רוח האלוהים, שדה-אנרגיה בלתי מוגדר, נע על פני המים הקדמונים).
הבנת האדם את מהות החיים מצטברת לכדי טאוטולוגיה: חיים הם חומר שנושא DNA. אבל אין לנו שמץ של מושג לגבי התהליכים המביאים מולקולות אורגניות להתלכד לתוך מבנה ה-DNA.
הידע האנושי מתבלבל עוד ועוד ככל שאנו צוברים יותר תצפיות. הודות למדע, ראינו עובדות המופלאות: יקומים מוגבלים, בדי מרחב זמן, ההשלכות המפץ הגדול, וה-DNA. אולם בדיוק כמו היהודים מתקופת הברונזה שעמדו מנגד להר סיני, אין לנו מושג מה קרה לפני המפץ הגדול- מה גרם לבריאה.